公司治理结构在我国许多公司，特别是大型国有企业、包括民营企业都是一个薄弱环节。由於历史的原因，我国现有上市公司中的大部分是由原国有企业或其他政府部门控制的实体重组改制而成。在这一过程中，有些公司的运作较为规范，然而在很多情况下，尚未真正实现向公司制的机制转变。概括起来，公司治理的严重扭曲，表现为行政干预下的“一股独大”和对经理人控制的失控。我国公司治理存在的主要问题是：
1.国有股东代表“缺位”和政府官员的行政干预。目前阶段，在国有独资公司和国有控股公司中，对国有资本经营的委托代理关系不够明确，缺乏详细的经营国有资本的财务规则，缺乏对国有资本回报、产业政策导向和相关约束与激励条件明确的责任条款与经营业绩合同。对於目前国有资产授权经营单位的国有股权控制，包括对与国有股权密切相关的投资、回报、经营、技改、人事、工资等重要决策权，分别由计委、财政部、经贸委、企业工委、劳动和社会保障部等部门以及地方政府分别行使，尚未建立起代表国务院具体行使所有者职能和责任的、有国有资本预算硬约束的、统一的国有资本经营管理机构。过去从行政部门转过来的“翻牌”公司的机制转变尚未完成。
2.许多上市公司“一股独大”，缺乏多元股权制衡。在许多上市公司中，国家拥有高度集中的股权，是最大的控股股东。“一股独大”使得大股东委派的董事控制了董事会、造成董事会结构的不健全和公司治理的制衡功能失效，董事会变成大股东会，容易造成对小股东的利益的忽视和侵犯。一些非国家控股的上市公司，又同样有利用“一股独大”侵犯公司和小股东利益的问题。
3.集团公司越权干预其控股的上市公司的董事会和执行层的经营业务。甚至集团（控股）公司的董事长或总经理兼任上市公司的董事长或总经理，以致于对“内部人控制”失控，发生内幕交易和不正当的关联交易，甚至为控股股东利益淘空上市公司资金。应对集团（控股公司）高管人员在其控股的上市公司中担任高管人员和对内幕交易予以限制，并要对关联交易予以披露。
4.董事长作为“法人代表”，地位高於董事，习惯于“首长制”和“第一把手”决策。董事长法人代表制易与以董事个人负责为基础的董事会集体决策体制矛盾，使董事会不能真正履行对所有股东的受托人的责任，不能保证董事会内部的制衡，也不能确保对公司高级管理人员的有效监督。
5.董事会缺乏健全的内设专门机构以及外部独立董事普遍缺位，如必须设立的、主要由外部独立董事组成的审计委员会、薪酬委员会、提名委员会等。董事会还应设立业绩评估委员会（或与提名委员会合一），建立与薪酬体系相对应的业绩评估体系。有些公司也有外部独立董事，但由於缺乏相关的选择、任命、职责、待遇等法律和规则，缺乏对小股东和其他利害相关者权益的保护，难以体现非执行董事、特别是外部独立董事对总经理的监督。
6.董事会议事和操作程式不规范。董事会缺乏严格的议事制度和会议程式，有的是没有规则，有的是规则空泛粗糙，有的是制定的规则不能执行，无法保证决策的公正和独立性。公司董事普遍需要增强对其承担的责任和权力的认识、董事行为和工作程式的培训，以及建立问责机制和诚信机制。
7.对高管人员的激励和约束都不足。我国国有企业的高管人员薪酬偏低，但在约束不足的情况下经理人员容易追求短期利益；由於缺乏制衡，国有大股东代理人身兼董事长和高层经理，“内部人”控制公司容易出现实质是自定薪酬的情况。
8.公司资讯对股东和利益相关者不透明。难以做到全面、准确、及时地将公司资讯送达所有相关者。有些公司甚至用虚假或不完整的资讯误导投资者，一些仲介机构不遵守职业操守而叁与做假账，及进行“庄家炒作”，扰乱资本市场的规则和秩序。 针对上述问题，需要抓紧改善公司治理结构和健全资本市场的监督。